絕大多數的微小GIST（直徑小于1cm的胃腸間質瘤）可能會伴隨終生不會長大，因此沒有進行積極外科手術干預的指征。而對于小GIST（直徑小于2cm的胃腸間質瘤），大多數在外科手術切除后病理結果提示的危險度分級多為極低度或低度危險，術后復發(fā)概率也很低（一般小于5%），因此絕大多數也并不需要進行伊馬替尼輔助治療，定期復查即可。GIST的術后復發(fā)轉移主要出現(xiàn)在中?；蚋呶５幕颊咧?，因此根據GIST原發(fā)切除后改良NIH危險度分級，對切除術后病理結果提示危險度分級為中危或者高危的患者，術后需要給予伊馬替尼輔助治療來降低復發(fā)風險。

外科手術加伊馬替尼靶向治療已成為胃腸間質瘤治療的標準模式。胃腸間質瘤患者有可能會認為一發(fā)現(xiàn)并確診了GIST應該立即行外科手術切除，以解除心頭大患，但是對以下幾種特殊情況，專業(yè)醫(yī)師卻往往會建議患者先服用伊馬替尼，再行外科手術。j 術前難以達到完整切除。k 腫瘤體積巨大（>10cm），預估術中易破裂、出血，造成醫(yī)源性播散者。l 一些特殊部位的腫瘤（如胃食管結合部、十二指腸降部、低位直腸等），手術易損害重要臟器的功能。m 雖然腫瘤可以切除，但是估計手術風險大，術后復發(fā)率、死亡率均較高者。n 估計需要實施多臟器聯(lián)合切除手術者。

胃腸間質瘤的預后與腫瘤部位、大小、核分裂像、腫瘤術中是否完整切除、有無破裂以及基因突變類型等多種因素相關，但總體上預后較好。在靶向藥物伊馬替尼用于治療GIST之前，所有的可切除GIST患者的中位生存時間為66個月，5年生存率為54%。在靶向藥物伊馬替尼用于輔助治療手術切除后的中高危GIST后，根據一項包括歐洲4個國家24家醫(yī)院近400位接受手術切除的胃腸間質瘤患者的隨機多中心臨床研究（SSGVXIII/AIO）表明，其總體5年生存率高達92%（術后服用伊馬替尼3年）和81.7%（術后服用伊馬替尼1年）。而且上述患者絕大多數都是腫瘤較大、核分裂像較多、術中腫瘤破裂的高復發(fā)風險的患者，而如果可切除的胃腸間質瘤患者根據病理結果被判斷為術后復發(fā)風險極低或低度，則預后更好，基本可以認為是被治愈。即使是晚期發(fā)現(xiàn)的胃腸間質瘤患者，預后也較晚期胃癌或腸癌患者要好。根據美國和芬蘭的一項隨機、多中心的臨床研究（B2222）表明，晚期胃腸間質瘤的中位生存時間為57個月，9年生存率達到35%。所以對于胃腸間質瘤的患者來講，即使是晚期發(fā)現(xiàn)較大腫瘤，也應以積極的心態(tài)配合治療，爭取獲得最佳療效。