藥學部目前設有門診藥房、急診藥房、中心藥房、中藥房、臨床藥學咨詢室、臨床藥學研究室、遺傳藥理學研究室、國家臨床藥物試驗機構、靜脈藥物配置中心、急診藥物配置室、西藥庫、中藥庫、大輸液庫、西藥制劑室、中藥制劑室、藥檢室、制劑成品庫、科辦公室等18個部門。有藥學專業(yè)人員71人，其中副主任藥師11人，主管藥師13人。獲得碩士學位者7人。 藥學部現(xiàn)擁有臨床藥師7名，臨床藥學研究室擁有高效液相色譜、質譜等儀器設備。開展的兒童血藥濃度監(jiān)測項目，具有湖南省領先水平，2011年開展4000例，共14種藥物及氨基酸的濃度檢測工作，為治療藥物監(jiān)測及個體化藥物治療打下了堅實的基礎。 面積約800平方的靜脈藥物配置中心擁有3臺藥品智能存儲柜，4臺智能針劑調配機及21個超凈工作臺，為全國目前規(guī)模最大最先進的靜脈藥物配置中心之一。 臨床藥學咨詢室擔任醫(yī)院臨床藥學督查工作，2011年獲得了長沙市藥監(jiān)局頒發(fā)的藥物不良反應監(jiān)測工作先進單位。 制劑室研發(fā)了11種特色中藥制劑，廣泛應用于臨床各種小兒疾病的治療，并獲得患者的一致贊譽，并同時生產(chǎn)18種西藥制劑，2011年共生產(chǎn)中藥制劑約430萬元產(chǎn)值。 藥學部至今在國內外發(fā)表學術論文150余篇，其中SCI論文1篇。藥學部學術帶頭人—現(xiàn)任藥學部主任何周康，主持了湖南省衛(wèi)生廳科研課題1項，湖南省發(fā)改委科研課題1項。 湖南省兒童醫(yī)院藥學部作為湖南省藥學會醫(yī)院藥學專業(yè)委員會秘書單位為全省臨床用藥管理及推動兒科臨床合理用藥起到了重要的作用。并被評為2008-2012年度湖南省藥學會先進單位的光榮稱號。